主要原因有如下几个方面
- 蛋白本身被降解了，可以存在一些不利于该蛋白稳定的蛋白酶
- 翻译起始位点的问题：如果一个类似于核糖体结合位点(AAGGAGG)的序列加上适当的间隔序列出现在了ATG密码子上游，降解就会有可能出现。解决的方法可以采用两端都带有融合标签的载体，例如pET系列部分载体在N-端和C-端都有His-Tag融合标签。这样，全长蛋白就可以通过提高咪唑浓度，在洗脱时将截短蛋白与全长蛋白区分开。或者在蛋白两端采用不同标签，进而通过亲和纯化的方式得到全长蛋白。
- 影响蛋白稳定性的另外一个因素是与N端Met相邻的氨基酸，即N端原则，当下列氨基酸出现在N端时: Arg、Lys、Phe、Leu、Trp和Tyr 蛋白的半衰期较短，蛋白会存在不稳定降解的问题，特别是Leu，当它出现在第二个位置上时，蛋白极度不稳定。在选择克隆位点时， Nco I 和Nde I都是 是一个比较好的N端的克隆位点选择，而使用NdeI的时候就要特别留意Leu的出现。