使用野生型基因在大肠杆菌表达中形成包涵体的概率是很高的，为了减少包涵体的形成，文明建议大家采用基因合成的方式获得基因。同时在实验中，结合降低诱导温度，例如12-20°C，降低IPTG浓度(0.01–0.1mM)并延长诱导时间，以及特殊培养基等手段获得更多的可溶蛋白。另外，我们需要分析蛋白本身是否疏水，如果蛋白本身的疏水性比较强，我们需要采用促溶标签融合表达蛋白来达到可溶的目的，如Trx，GST, NusA。但是形成包涵体也不是一个极坏的处境：往往包涵体表达量都非常高，而且纯化起来方便更容易获得高纯度的蛋白样品。对于一些需要蛋白去免疫动物制备WB类用途的项目来说，包涵体也是一个非常不错的选择。

得到一定量的包涵体后，可以尝试柱上复性或者透析/稀释复性，

柱上复性方式： 蛋白在变性状态下上柱后，使用一定浓度的尿素或盐酸胍、1mM还原型及0.2mM氧化型谷胱甘肽淋洗，随后用咪唑洗脱。

透析/稀释复性：在透析去除尿素的过程中加入还原型及氧化型谷胱甘肽 或者CHAPs等表面活性剂可以有助于蛋白的正确折叠。