信号肽的主要作用是促进蛋白质折叠成特定空间结构，同时它决定蛋白最终被定位到特定的亚细胞区。对于大多数大肠胞内表达模式来说，信号肽基本丧失了它的功能，同时信号肽的疏水性会造成蛋白大肠胞内表达中成不可溶状态，所以通常在大肠表达中要去掉信号肽。